Точная дата его рождения неизвестна. Происходил он из семьи, имевшей татарские корни, глава которой в XIV в. поступил на службу к московским князьям. Воспитывался при дворе Ивана Грозного. Из рядового опричника стал приближенным царя. Был женат на дочери Малюты Скуратова, главы опричников. Сестра Бориса Ирина стала женой Федора - сына Ивана IV.

В 1586 г., после смерти опекуна сына Ивана Грозного, Борис Годунов (член Регентского совета) стал фактическим правителем России. В 1598 г., после смерти Федора, не оставившего наследников, Борис был избран царем на Земском соборе - собрании бояр, высшего духовенства и представителей купечества, городов и земель.

В апреле 1605 г. Борис Годунов скоропостижно скончался. Смерть Бориса знаменовала наступление кризисной эпохи в истории России - Смутного времени, продолжавшегося до 1613 г.

Смоленскую крепостную стену иногда называют годуновской и это не случайно. Весной 1596 г. Борис Годунов прибыл в Смоленск для торжественной закладки стены. Как писал летописец, Годунов приехал в город с «великим богатством и, идучи дорогою по градам и селам, поил и кормил, а кто о чем побьет челом и он всем давал, являясь всему миру добрым». Борис Федорович по прибытию утвердил представленные ему сметы и проект, объехал со свитой место будущего строительства и торжественно заложил камень крепости.

По завершению строительства в 1602 г. Годунов приехал из Москвы на ее освещение и привез в Смоленск копию первописной иконы Смоленской Божией Матери Одигитрии, изготовленной художником-иконописцем Постником Ростовцем в 1535 г. по приказу Ивана Грозного. В отличие от первописной иконы , копия была больших размеров и вверху имела треугольное завершение, в котором помещено изображение Св. Духа, в виде голубя, осеняющего Богоматерь. Разместили икону в специально сделанной нише над воротами Фроловской (Днепровской) башни под деревянным шатром. В настоящее время она занимает одно из центральных мест в Смоленском Успенском кафедральном соборе.